鏡像異性体

MOL formatでは、原子の立体情報(stereo information)を記述するのにパリティ1または2を指定します。このパリティは、以下のようにして定めます。

1. 立体情報を指定する原子に接続する原子のatom blockにおける行番号を調べる。
2. MOLフォーマットで暗黙のうちに表現されている水素、または、行番号が一番大きい要素を紙面の裏側におく。
3. 残りの側鎖を紙面の表から見て、行番号の順に時計回りになっている場合はパリティ１、半時計回りになっている場合はパリティ２

注意点

• パリティはatom blockにおける原子の並び順に依存するので、D,Ｌ表記やR,S表記との対応はありません。
• 化学結合の上向き下向き（黒いくさびか、点線かという表記法）をbond blockにおいて指定できますが、これはxy座標に依存した表記法です。MOL formatにおいては、上記のパリティとは独立に記述されます。

幾何異性体

MOL formatでは、cis, transをシステマティックに記述する方法はありません。xy座標を用いて表現するしかありません。