指定されたフォルダ内にある、特定の拡張子がついたファイルだけをすべて集めて、Vectorとして返します。フォルダが入れ子になっている場合は中もすべて見ます。

   import java.util.Stack;
   import java.util.Vector;

   static public Vector getFilenames(String file,
        String extension)
      {
        Vector V = new Vector();
        Stack S = new Stack();
        S.push(new File(file));
        try
          {
            while (!S.empty())
              {
                File f = S.pop();
                if (f.isDirectory())
                  {
                    File[] children = f.listFiles();
                    for (int i = 0; i < children.length; i++)
                      S.push(children[i]);
                  }
                else
                  {
                    if (f.getName().endsWith(".mol"))
                      V.add(f);
                  }
              }
          }
        catch (Exception e)
          {
            System.out.println(e);
          }
        return V;
      }