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2006 Dec: Metabolome Informatics Workshop

by member last modified 2007-06-01 11:01

JST-BIRD & RIKEN-PSC joint workshop

主催:JST-BIRD, 理研PSCメタボローム基盤グループ (非公開)

JST-BIRDプロジェクト「メタボロームMSスペクトル統合データベースの開発」(研究代表者:西岡孝明)と、理研PSCメタボローム基盤(グループディレクター:斉藤和季)では、バイオインフォマティクスグループの情報交換と今後の共同研究を目的とした合同ワークショップを開催します。申し訳ありませんが、クローズドな会議のため、一般の方は参加できません。

●日時 平成18年12月4日(月) 9:00-16:30
●場所 鶴岡メタボロームキャンパス(鶴岡市先端研究産業支援センター) (鶴岡市覚岸寺字水上246番地2)

●12月1日の準備(鶴岡スタッフ)

プロジェクタ、スクリーン、ポインター、ウェブ、ベル

●12月3日会場への来かた

12月3日16:50 ANA897便にて庄内着。現在のところ、3日は雪の予報です。忘れずに寒さ対策をしてきてください。(10度以下は確実です。)
チャーターバスで第一ホテルへ移動。
(運転手さんには、到着ロビーで「慶応大学」という札を持って待ってもらいますのでそこに集合してください。)

料金は往復で一人2000円です。一般の乗り合いタクシーよりかなり割安です。領収書はタクシー会社に個人名で発行してもらいます。(月山号往復2700円、バス+タクシー片道740円+800円)

○夕飯:すし屋の幸松 (6000円実費)
http://www.e-yamagata.com/town/01-13/0235249155/
18:15にロビーに集合してください。一緒に移動します。このときに名札を配布するので着用してください。すし屋へはホテルから歩いていけます。各人の自己紹介、仕事内容について話してもらいます。

●12月4日のプログラム

ホテルから会場までは、タクシーで移動します。タクシー代は、庄内交通ハイヤーのサービスで、バス代2000円に含まれています (拍手)。

8:45 ホテルのロビーに集合。タクシーで会場へ移動
9:00―9:10 開会の挨拶 (西岡孝明)

MassBankの概要、規模、目標について簡単に解説してもらいます。

[各研究グループの概要紹介セッション] 

講演時間は質疑応答の時間も含まれています。発表者は実務担当の方と適時交代してくれて構いません。

マススペクトルデータベース MassBank
9:10―9:50 解析担当発表 蓬莱尚幸 (慶應義塾大学)

MassBankのフォーマット、サーバー仕様、現在のデータ数、データ分類、稼働状況について解説してもらいます。デモもおこないます。

9:50-10:20 計測担当発表 嘉数勇二 (慶應義塾大学)

慶応における計測機器、条件、現在までの測定状況、標品リストについて解説してもらいます。

10分休憩

理研PSC Primeデータベース
10:30-11:10 計測担当発表 草野都、峠隆之、松田史生、及川彰 (PSC)

PSCにおける計測機器、条件、現在までの測定状況、標品リストについて解説お願いします。また、今後のデータ作成ペースについても解説をお願いします。時間が足りないので、午後のセッションで引き続きお願いします。

11:10―11:40 解析、サーバ担当発表 福島敦史、森岡涼子、櫻井哲也 (PSC)

ピーク同定、Metabolixソフトウェアについて解説をお願いします。また現在解析するデータについて、発表できる範囲内で発表をお願いします。

さらに現在のPrimeデータベースのサービス状況について紹介をお願いします。時間が足りないので、午後のセッションで引き続きお願いします。

東大、奈良先端大
11:40―12:10 フラボノイドのデータベースおよび分類
時松敏明(東京大学)

フラボノイドの階層分類、またその中における糖の配置についてお願いします。ソフトウェアのデモもお願いします。

12:10―12:30 植物二次代謝物データベース

金谷重彦 (奈良先端科学技術大学院大)

ナップザックデータベースについて解説をお願いします。

12:30-14:00 昼食

お弁当(700円実費)を配布します。会場内は飲食を避けたいので、部屋を出たアトリウムでお願いします。

[ソフトウェアおよびデータ形式統一化セッション]
14:00-15:00 MassBankとPrimeの統合について
座長:西岡孝明、有田正規

議題 (案)

  • 代謝物計測法、MS/MS方針の打ち合わせ
    • 測定する物質の選定、計測法のすりあわせ
  • データベースに記述する項目の選定、入力方式
    • TMSの取り扱い、塩化物の取り扱い
    • 計測パラメータが多い場合の記述法
  • ウェブサーバの設置場所、非公開データの取り扱い
    • トップページの内容
    • 今後用意すべき検索法
  • PrimeとMassBankの統合
    • リンクの仕方

15:00-15:15 休憩
15:15-16:15 引き続き、MassBankとPrimeの統合について

16:15 今後の合同ワークショップについて

  • どれくらいの頻度で合同ワークショップを開いたほうが良いか
  • 次回のワークショップは何処で開くべきか、公開にすべきか
  • マックスプランク(Golm)との研究協力について


16:30 終了

17:00 名札を返却、空港行きバス出発。

ANA900便、庄内18:00→羽田19:00


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